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SUPER Green I 與 dsDNA 結合熒光信號可增強 800～1000 倍。在 PCR 反應體系中， 加入過(guò)量 SUPER Green I 熒光染料，它特異性地摻入 DNA 雙鏈后，熒光信號增強，而不 摻入鏈中的 SUPER Green I 染料分子熒光不變，從而保證熒光信號的增加與 PCR 產(chǎn)物的 增加完全同步。熒光可以在退火階段或者延伸階段測定。

1.使用濃度對熒光 PCR 結果的影響

SUPER Green I 的使用濃度是保證熒光定量 PCR 實(shí)驗成功非常關(guān)鍵的因素。如果 SUPER Green I 的濃度過(guò)低會(huì )使熒光信號的變化降低，這就意味著(zhù)低拷貝的樣品可能無(wú) 法檢出。而在高濃度時(shí)，將會(huì )抑制 PCR 反應，降低 PCR 反應效率。所以一般在使用 SUPER Green I 時(shí)應根據實(shí)際情況優(yōu)化使用濃度，反應的終濃度為 1×到 0.2×之間。

2.Mg2+濃度的影響

提高 Mg2+濃度可以降低 SUPER Green I 對 PCR 反應的抑制作用。我們建議在用 SUPER Green I 進(jìn)行熒光 PCR 反應時(shí)，Mg2+濃度比無(wú) SUPER Green I 的普通 PCR 反應高出 0.5～ 3mM。